Data Scientist (m/w/d) / Bioinformatiker (m/w/d)

Stammzellbiologie

38.5 hours

Fixed term of 36 months

as of 01.10.2025

Eingruppierung gemäß TV-L

Application deadline 30.09.2025

          
            Universitätsklinikum Erlangen
 Abteilung Stammzellbiologie
Pooja Gupta
 91054 Erlangen

Contact person
Dr. Pooja Gupta
Group Leader 'Bioinformatics for Multiomics'
Telefon: 09131 85-42840

Data Scientist (m/w/d) / Bioinformatiker (m/w/d)

Published since: 15.08.2025
Job-Id: 11098

Dr. Pooja Gupta
Group Leader 'Bioinformatics for Multiomics'
Telefon: 09131 85-42840

                Universitätsklinikum Erlangen
 Abteilung Stammzellbiologie
Pooja Gupta
 91054 Erlangen
              

Data Scientist (m/w/d) / Bioinformatiker (m/w/d)
Published since: 15.08.2025
Job-Id: 11098

Universitätsklinikum Erlangen
 Abteilung Stammzellbiologie
Pooja Gupta
 91054 Erlangen

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Dr. Pooja Gupta
Group Leader 'Bioinformatics for Multiomics'
Telefon: 09131 85-42840

Notes for applicants

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Who we are:

Das Universitätsklinikum Erlangen steht für exzellente Patientenversorgung, innovative Forschung und eine hochwertige medizinische Ausbildung. Mit über 9.800 qualifizierten Mitarbeitenden zählt das Klinikum zu den größten Arbeitgebern in Mittelfranken und trägt durch kontinuierliche Weiterentwicklung maßgeblich zum medizinischen Fortschritt bei.

Im Rahmen des Transregio-Forschungsverbunds TRR 417 „Zelluläre Kommunikation im Stroma des kolorektalen Karzinoms: Von der Pathophysiologie bis zur klinischen Translation“ kooperieren die Universitätskliniken Erlangen, Frankfurt und Freiburg intensiv. Ziel des Verbunds ist es, die komplexen Interaktionen im Tumormikromilieu des kolorektalen Karzinoms eingehend zu erforschen und innovative Therapieansätze zu entwickeln.

Durch diese interdisziplinäre Spitzenforschung schaffen die beteiligten Universitätskliniken die wissenschaftliche Grundlage für verbesserte Behandlungsmöglichkeiten sowie eine nachhaltige Optimierung der Versorgung von Patientinnen und Patienten mit kolorektalem Karzinom. Gestalten Sie mit uns gemeinsam die Zukunft der Medizin und werden Sie Teil unseres engagierten Teams.

Die Aufgaben

Forschungsdatenmanagement (RDM) gemäß FAIR-Prinzipien zur Sicherstellung langfristiger Datenverfügbarkeit und -nachnutzbarkeit

Bioinformatische Analyse und Integration von Single-Cell-, Bulk-RNA-seq-, Metabolomics und weiteren Omics-Datensätzen im Rahmen des TRR417

Entwicklung und Anwendung statistischer Methoden zur Auswertung großskaliger biologischer Datensätze

Visualisierung und Interpretation komplexer molekularbiologischer Ergebnisse in enger Zusammenarbeit mit experimentellen Partnern

Erstellung und Veröffentlichung wissenschaftlicher Publikationen sowie Präsentation der Ergebnisse auf internen und externen Fachveranstaltungen

Das Know-how dafür

Abgeschlossenes Studium (Master oder Promotion) in Bioinformatik, Computational Biology, Data Science oder einer verwandten Fachrichtung

Vertraut mit den FAIR-Prinzipien und deren praktischer Umsetzung

Erfahrung mit biomedizinischen Daten und Metadatenstandards (z. B. MIAME, MINSEQE, OME)

Praxis in Datenversionierung (z. B. Git) und Workflow-Management (z. B. Snakemake, Nextflow)

Erfahrung in der Analyse von Hochdurchsatzdaten (z. B. RNA-seq, Single-Cell Omics)

Sicherer Umgang mit Python und/oder R sowie gängigen Bioinformatik-Frameworks (z. B. Scanpy, Seurat, Bioconductor)

Vertiefte Kenntnisse in Statistik und Machine Learning, idealerweise mit Erfahrung in Graph Neural Networks (GNNs)

Ausgeprägte Teamfähigkeit, selbstständige und strukturierte Arbeitsweise sowie Freude an interdisziplinärer Zusammenarbeit

Das bieten wir:

Einen krisensicheren Arbeitsplatz mit allen Annehmlichkeiten eines Tarifvertrages, inkl. Zusatzvorsorge der Versorgungsanstalt des Bundes und der Länder (VBL), bei uns als systemrelevanter Arbeitgeber im öffentlichen Dienst
Eine interessante Tätigkeit in einem motivierten, aufgeschlossenen Team
Sorgfältige und qualifizierte Einarbeitung
Ein umfassendes Angebot zur Gesundheitsförderung
Beabsichtigte Eingruppierung, je nach Qualifikation und persönlichen Voraussetzungen, gemäß TV-L
Es handelt sich um eine Vollzeitstelle, diese ist grundsätzlich auch teilzeitfähig

All benefits at UKER

Working at UKER

We are one of the best hospitals in Germany and one of the largest employers in Middle Franconia. Our success is down to the dedication and daily efforts of our more than 9,800 highly qualified employees in a wide range of different professions. We at Universitätsklinikum Erlangen appreciate that each and every one of our employees are important if we are to continue to provide cutting-edge medicine, conduct excellent research and offer patient care at the highest possible standard.

We look forward to hearing from you if you looking for a job that makes a valuable contribution to society and you are excited about the opportunity to shape cutting-edge medical care with us now and in the future!

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Published:
07.08.2025

Application deadline:
30.09.2025

Department:
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